자의적 부정 등은 내부통제제도만으로 해결되는 게 아니다. 그리고 내부통제의 효용을 과신하여 과도하게 통제장치를 설치하면 오히려 번잡한 절차를 양산하여 시간이나 인력의 낭비, 조직구성원간 상호불신조장, 지나친 간섭으로 인한 사기저하 등을 야기할 수 있다. 이는 내부통제제도 도입에 따른 비용이 편익을 초과하는 결과를 낳을 수 도 있다. 그밖에 후에 감사대상기관에서 부정이나 오류가 발생한다 할지라도 내부통제제도평가와 보고가 감사자의 책임의 면죄부로서 작용하게 될 우려도 있다.
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