허준은 혜민서의 갖가지 불합리함을 발견한다. 그는 혜민서에서 희생적으로 헌신하면서 불합리함을 고치기 위해 애를 쓴다. 그 과정에서 의녀 미사를 만나고, 그녀는 허준을 사모하게 된다.
허준의 혼신을 다한 의술은 결국 선조 임금의 눈에 띄게 된다. 또한 차기 임금으로 유력시 되는 광해군의 생모 공빈 김씨에게 인정을 받게 된다.
그러던 중 임진왜란이 발생한다. 모든 의원들이 피란에 급급할 때 허준은 내의원의 의서와 약방전 등을 챙긴 뒤피란 길에 오른다. 의녀 미사가 그를 따른다.
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아쉽습니다. 이은성씨의 <소설 동의보감>은 여기서 멈춥니다. 이은성씨는 이 소설을 <춘하추동>의 네 권으로 집필할 예정이었다고 합니다. 그러나 집필 도중 돌연히 작고함으로써 작품은 미완으로 남았습니다. 창작과 비평사에 펴낸 <소설 동의보감> 상중하는 미완인 채 발간된 것입니다.
MBC에서 드라마로 각색한 <허준>의 뒷부분은 드라마 작가가 덧붙여서 완성한 것입니다. 황수정씨가 열연한 예진 아씨는 실제의 소설에는 없고요. 소설에서의 <의녀 미사>가 <예진 아씨>에 근접한 캐릭터인 듯싶습니다.